Kontrola z finančního úřadu: jak se připravit

Oznámení o daňové kontrole z finančního úřadu dokáže zvednout tep i zkušenému podnikateli. Přitom daňová kontrola je zcela standardní součástí daňového procesu a pokud vedete svou evidenci poctivě, nemáte se čeho bát. Klíčové je vědět, jak kontrola probíhá, jaká máte práva a povinnosti, a co si připravit. Tento průvodce vám krok za krokem vysvětlí celý průběh daňové kontroly - od prvního oznámení až po závěrečnou zprávu.

Co spouští daňovou kontrolu

Finanční úřad neposílá kontroly náhodně (i když může). Existuje řada faktorů, které zvyšují pravděpodobnost, že se kontrola zaměří právě na vás.

Nejčastější spouštěče kontroly

1. Nesrovnalosti v daňovém přiznání

Pokud vaše přiznání obsahuje neobvyklé hodnoty, výrazné výkyvy příjmů mezi roky nebo podezřelé odpočty, systém finanční správy to vyhodnotí jako rizikový signál. Například:

• Náhlý pokles příjmů o 50 % bez zjevného důvodu
• Neobvykle vysoké výdaje v poměru k příjmům
• Opakované vykázání daňové ztráty

2. Kontrolní hlášení a křížové kontroly

Finanční správa automaticky porovnává údaje z vašeho přiznání s daty od vašich obchodních partnerů, bank a dalších institucí. Pokud se údaje neshodují - například dodavatel vykáže příjem od vás, ale vy ho nemáte ve svých výdajích - může to vyvolat kontrolu.

3. Podněty třetích stran

Kontrolu může spustit i podnět od třetí osoby - typicky nespokojený obchodní partner, konkurent nebo bývalý zaměstnanec.

4. Odvětvové kontroly

Finanční správa pravidelně provádí cílené kontroly v určitých odvětvích. Historicky se zaměřuje například na gastronomii, stavebnictví, autoservisy, e-shopy nebo služby poskytované v hotovosti.

5. Náhodný výběr

Část kontrol probíhá na základě náhodného výběru, aby byla zajištěna kontrolní pokrytí napříč všemi typy poplatníků.

Jak se o kontrole dozvíte

Daňová kontrola se zahajuje doručením oznámení o zahájení daňové kontroly. V praxi to může proběhnout několika způsoby:

Způsoby zahájení

• Doporučený dopis do datové schránky - nejčastější způsob
• Telefonický kontakt - správce daně vám může nejprve zavolat a domluvit termín
• Osobní návštěva - méně časté, ale správce daně má právo zahájit kontrolu i bez předchozího upozornění

Co oznámení obsahuje

Oznámení o daňové kontrole musí obsahovat:

1. Jakou daň bude správce daně kontrolovat (daň z příjmů, DPH apod.)
2. Za jaké zdaňovací období kontrola probíhá (např. rok 2023, 2024)
3. Jaké podklady máte připravit a předložit
4. Termín, do kdy máte doklady předložit nebo se dostavit

Jak daňová kontrola probíhá krok za krokem

Kde kontrola probíhá

Kontrola se nejčastěji odehrává:

• V sídle finančního úřadu - přinesete doklady na úřad a správce daně je prověřuje tam
• Ve vaší provozovně / kanceláři - správce daně přijde k vám, pokud je to účelné (např. kontrola skladových zásob)
• U vašeho účetního / daňového poradce - pokud máte zástupce, kontrola může probíhat u něj

Jak dlouho kontrola trvá

Zákon nestanoví maximální délku daňové kontroly. V praxi:

| Typ kontroly | Typická doba trvání | |--------------|-------------------| | Jednoduchá kontrola (1 daň, 1 rok) | 2-6 měsíců | | Komplexní kontrola (více daní, více let) | 6-18 měsíců | | Složité případy (mezinárodní transakce, DPH podvody) | Až 2-3 roky |

U běžného živnostníka s přehlednou evidencí kontrola zpravidla trvá 3-6 měsíců od zahájení do uzavření.

Vaše práva během kontroly

Daňový řád vám jako kontrolovanému subjektu přiznává řadu důležitých práv. Znát je a aktivně je uplatňovat je klíčové.

Právo na zastoupení

Máte právo nechat se zastupovat daňovým poradcem, advokátem nebo jinou osobou na základě plné moci. Zástupce jedná za vás a správce daně musí veškerou komunikaci směřovat na něj.

Právo na přiměřenou lhůtu

Správce daně vám musí poskytnout přiměřenou lhůtu na přípravu a předložení dokladů. Pokud je stanovená lhůta příliš krátká, máte právo požádat o její prodloužení - a to ještě před jejím uplynutím.

Právo nahlížet do spisu

Máte právo nahlížet do daňového spisu a pořizovat si z něj výpisy a kopie (§ 66 daňového řádu). To je důležité zejména pokud chcete zjistit, na základě jakých informací správce daně své závěry činí.

Právo se vyjádřit ke zjištěním

Před uzavřením kontroly vás správce daně musí seznámit s výsledky kontrolního zjištění a dát vám lhůtu k vyjádření. Toto právo je zásadní - můžete předložit nové důkazy, upřesnit fakta nebo upozornit na chyby v postupu správce daně.

Právo na ukončení kontroly v přiměřené lhůtě

Pokud kontrola trvá nepřiměřeně dlouho bez zjevného důvodu, máte právo podat podnět nadřízenému orgánu (Odvolacímu finančnímu ředitelství) na nečinnost správce daně.

Právo na odvolání

Proti dodatečnému platebnímu výměru (rozhodnutí o doměření daně) se můžete odvolat do 30 dnů od jeho doručení. Odvolání má odkladný účinek - nemusíte doměřenou daň platit, dokud o odvolání není rozhodnuto.

Vaše povinnosti během kontroly

Kromě práv máte i povinnosti, které musíte dodržovat:

Povinnost součinnosti

Jste povinen poskytnout správci daně potřebnou součinnost - předložit doklady, poskytnout vysvětlení, umožnit přístup do provozovny. Odmítnutí spolupráce může vést k udělení pořádkové pokuty až 50 000 Kč a správce daně může daň stanovit podle vlastních pomůcek (§ 98 daňového řádu), což bývá méně výhodné.

Povinnost pravdivosti

Veškeré informace, které správci daně poskytnete, musí být pravdivé a úplné. Vědomé poskytnutí nepravdivých informací může mít závažné následky.

Povinnost předložit doklady

Na výzvu správce daně musíte předložit veškeré doklady a podklady, které se vztahují ke kontrolovanému období a dani. Nelze odmítnout s tím, že doklady nemáte - v takovém případě je třeba vysvětlit proč.

Jaké doklady si připravit

Pokud obdržíte oznámení o kontrole, začněte okamžitě připravovat doklady. Čím lépe budou uspořádané, tím rychleji kontrola proběhne.

Základní sada dokladů

Jak doklady uspořádat

• Chronologicky - seřaďte doklady podle data od začátku do konce období
• Podle typu - oddělte příjmové a výdajové doklady
• S vazbou na evidenci - ke každému dokladu by měl existovat záznam v daňové evidenci
• Číselné řady - faktury by měly mít průběžné číslování bez mezer

Co se děje po kontrole

Výsledek: Vše v pořádku

Pokud kontrola nezjistí žádné pochybení, správce daně kontrolu uzavře a sepíše zprávu o daňové kontrole bez nálezu. Žádná daň se nedoměřuje a vy nemáte žádné další povinnosti.

Výsledek: Zjištěno pochybení

Pokud kontrola odhalí nesrovnalosti, správce daně:

1. Sepíše zprávu o daňové kontrole s popisem zjištění
2. Projedná zprávu s vámi - máte právo se vyjádřit
3. Vydá dodatečný platební výměr - rozhodnutí o doměření daně

Co může být doměřeno

• Daň - rozdíl mezi správně vypočtenou a vámi přiznanou daní
• Penále - 20 % z doměřené daně (nebo 1 % z částky, o kterou byla neoprávněně snížena ztráta)
• Úrok z prodlení - repo sazba ČNB + 8 procentních bodů (v 1. pololetí 2026 tedy 11,50 % p.a.) za dobu od původní splatnosti daně

Jak se odvolat proti výsledku kontroly

Pokud s výsledkem kontroly nesouhlasíte, máte právo se bránit.

Odvolání proti platebnímu výměru

• Lhůta: 30 dnů od doručení rozhodnutí
• Komu: Odvolání se podává u finančního úřadu, který rozhodnutí vydal, ale rozhoduje o něm nadřízený orgán - Odvolací finanční ředitelství
• Forma: Písemně, s uvedením důvodů a případně nových důkazů
• Odkladný účinek: Odvolání má ze zákona odkladný účinek - doměřenou daň nemusíte platit, dokud o odvolání není rozhodnuto

Další opravné prostředky

Pokud ani odvolání nevyhoví, můžete:

• Podat žalobu ke správnímu soudu - ve lhůtě 2 měsíců od doručení rozhodnutí o odvolání
• Podat kasační stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu - proti rozhodnutí správního soudu

Jak minimalizovat riziko kontroly

I když kontrole nelze zcela předejít, můžete výrazně snížit pravděpodobnost, že se zaměří právě na vás.

Pravidla pořádné daňové evidence

Na co si dát zvláštní pozor

• Hotovostní platby - příjmy a výdaje v hotovosti jsou obtížněji prokazatelné. Vždy si uchovávejte doklady.
• Osobní výdaje v podnikání - nikdy neuplatňujte osobní výdaje (oblečení, dovolenou, běžné jídlo) jako podnikatelské
• Vozidlo v podnikání - pokud používáte auto i pro osobní účely, musíte poměrnou část vyloučit z výdajů
• Barter a nepeněžní plnění - i protislužby a naturální plnění jsou zdanitelným příjmem

Často kladené dotazy (FAQ)

Může finanční úřad přijít bez ohlášení?

Zákon umožňuje správci daně zahájit kontrolu i bez předchozího upozornění, ale v praxi vás zpravidla kontaktuje předem - telefonicky nebo písemně. Výjimkou jsou situace, kdy hrozí maření důkazů.

Jak daleko do minulosti může kontrola sahat?

Základní prekluzivní lhůta je 3 roky od termínu pro podání přiznání. V roce 2026 tedy finanční úřad zpravidla může kontrolovat roky 2023-2025. Lhůta se ale může prodloužit (např. zahájením kontroly, podáním dodatečného přiznání) až na maximálně 10 let.

Mohu během kontroly podnikat normálně?

Ano, kontrola neomezuje vaši podnikatelskou činnost. Jste pouze povinni spolupracovat se správcem daně a předložit požadované doklady.

Co když doklady nemám - ztratily se nebo shořely?

Pokud jste doklady ztratili z důvodů, které jste nemohli ovlivnit (požár, povodeň, krádež), informujte o tom správce daně. Ten může přistoupit ke stanovení daně podle pomůcek (§ 98 daňového řádu). Doporučujeme podat oznámení policii a pokusit se doklady rekonstruovat (bankovní výpisy lze získat z banky, kopie faktur od obchodních partnerů).

Jakou pokutu dostanu za nespolupráci?

Za neposkytnutí součinnosti může správce daně uložit pořádkovou pokutu až 50 000 Kč. Navíc, pokud kvůli nespolupráci nemůže daň stanovit na základě dokazování, stanoví ji podle pomůcek - tedy odhadem, což bývá pro poplatníka méně výhodné.

Mohu se proti kontrole předem bránit?

Nemůžete se bránit zahájení kontroly jako takové - správce daně má zákonné právo kontrolu provést. Můžete se ale bránit proti konkrétním nezákonným postupům (např. nepřiměřená lhůta, prověřování mimo rozsah) podnětem na nečinnost nebo stížností.

Mějte doklady v pořádku s DokladBotem

Nejlepší přípravou na daňovou kontrolu je průběžně vedená a přehledná evidence dokladů. DokladBot vám s tím pomůže - stačí vyfotit každý doklad a poslat ho přes WhatsApp. DokladBot ho automaticky zpracuje, roztřídí a uloží. Když přijde kontrola, budete mít vše připravené.

Začněte si organizovat doklady ještě dnes na dokladbot.cz - a příští kontrola vás nezaskočí.

Oficiální zdroje a odkazy

• Finanční správa ČR - obecné informace o daňové kontrole
• Zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád - § 85 až § 88 (daňová kontrola)
• Zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád - § 148 (lhůta pro stanovení daně)

---

Tento článek slouží jako obecný informační průvodce a nenahrazuje individuální daňové nebo právní poradenství. Údaje jsou platné k datu publikace (únor 2026) a vycházejí z aktuálně účinné legislativy. Pro řešení konkrétní situace se obraťte na kvalifikovaného daňového poradce nebo advokáta.